A mata atlântica na região da Mantiqueira, região onde se localiza a Fazenda Vale do Tajá, é marcada por um bioma de altitudes elevadas, clima ameno e grande diversidade. A vegetação é densa, com matas de encosto e com espécies endêmicas.

Destacam-se algumas importantes árvores como a Paineira (Ceiba Speciosa), Araucária (Araucária Angustifólia) e o Jequitibá (Carialiana Legalis).

No Vale do Tajá pode-se encontrar, além dessas espécies, várias outras de importância relevante para a biodiversidade local.

A Fazenda Vale do Tajá contribui para a prevenção e restauração da mata atlântica realizando plantio de árvores nativas em parceria com escolas municipais e instituições regionais.

Restauração de matas ciliares e áreas de preservação permanentes é um dos objetivos da fazenda. A criação de abelhas, proteção dos mananciais, além do plantio programado, fazem parte dessa estratégia conservadorista.